一、几种模式生物的后基因组研究进展（论文文献综述）
徐美玲[1]（2021）在《地衣芽孢杆菌及黄芪提取物对InR[E19]/TM2果蝇的影响及机理研究》文中提出糖尿病（diabetes mellitus）是一组以高血糖为特征的慢性代谢、难治愈性疾病,2型糖尿病（T2D）最显着的特性之一是胰岛素抵抗。肠道微生物群在糖尿病的发展中起着至关重要的作用,选择有前景的益生菌菌株来预防和治疗T2D受到关注。黄芪被认为是一种很有潜力的抗糖尿病药物。使用益生菌、黄芪提取物（Astragalus Membranaceus extract,AE）进行T2D的预防与治疗具有重要的意义。本研究从市售整肠生胶囊中筛选出的地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis,BL）作为益生菌,采用果蝇生存分析、体重分析、抗氧化酶等生化指标分析,16S r DNA高通量测序的方法,初步探讨在饮食中添加BL益生菌和黄芪水提取液AE对胰岛素受体缺陷果蝇(InR[E19]/TM2)寿命及肠道微生物区系的影响。研究结果如下:1.从市售整肠生活菌胶囊中筛选出地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis,BL-01）,其葡萄糖利用率为78%,对该菌株的形态学特性、生理生化特性进行了分析,符合地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis,BL）的特性。选择该菌株为本论文研究的对象。2.在果蝇饮食中添加BL、AE和BA（BL和AE组合）均延长了InR[E19]/TM2黑腹果蝇的寿命（p<0.0001）。3.在果蝇饮食中添加BL、AE和BA增加了InR[E19]/TM2黑腹果蝇的体重（p<0.05）。4.在果蝇饮食中添加BL、AE和BA不同程度提高了InR[E19]/TM2黑腹果蝇超氧化物歧化酶（SOD）和过氧化氢酶（CAT）的活性,并降低了丙二醛（MDA）水平和血糖浓度（GLU）。其中AE和BL未显着提高果蝇SOD酶活性,BL能显着提高果蝇CAT酶活性,AE和BL能显着降低果蝇MDA水平和GLU,AE能显着降低果蝇GLU。5.在饮食中添加BL、AE和BA影响了胰岛素受体缺陷果蝇的肠道微生物区系组成。BL、AE和BA的处理可以显着增加肠道Lactobacillus的丰度和显着降低Wolbachia的丰度。同时,在Control和补充BL、AE和BA的饮食中发现了明显不同的肠道微生物区系组成,在重要的肠道有益菌群中,乳杆菌科和醋杆菌在饲喂BA的雄性果蝇中有显着增加。上述结果表明,在InR[E19]/TM2黑腹果蝇饮食中补充BL、AE不仅延长了InR[E19]/TM2果蝇寿命,增加了体重,提高了抗衰老活性,还影响了InR[E19]/TM2果蝇肠道菌群的组成。所以,这一结果提示我们地衣芽孢杆菌和黄芪提取物具有作为延缓衰老和治疗糖尿病的潜力。
曹雪[2]（2020）在《环境激素壬基酚对秀丽隐杆线虫的多毒性效应及组学机制研究》文中提出壬基酚（Nonylphenol,NP）是一类工业上大量使用精细化工原料及中间体。由于NP持续不断的环境输入和化学结构的稳定性,其在各类环境介质中的检出普遍性及浓度越来越高,同时各类农作物及市售食品也受到了 NP不同程度的污染。长期接触导致NP在生物体组织中大量富集,甚至在人体血液、乳汁和尿液中也均有较高浓度的检出。作为一种内分泌干扰物,NP已被证实会干扰生殖系统、神经系统及遗传过程,但目前研究多针对于壬基酚高浓度单向的毒性效应研究,缺乏环境相关浓度下的整体性评估,并且NP的综合致毒机理目前尚不完全明确。秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans,C.elegans）作为一种敏感度极高的环境指示生物,因具有良好的生理结构及清晰的遗传背景,已被广泛的用于化学品的在环境中的毒理评估及机制研究。本研究选用模式生物秀丽隐杆线虫进行壬基酚低浓度下的生殖发育及神经系统的毒性效应评估,并进一步借助高通量测序平台转录组与代谢组进行分子调控机制及代谢方面的毒性机制研究。具体包括以下几个方面:NP环境浓度短期暴露对秀丽隐杆虫生殖发育及脂质贮存等生理过程的毒性效应;NP长期环境浓度暴露对秀丽线虫神经行为学的影响及其分子调控机理;NP暴露对秀丽隐杆线虫整体转录水平及基因调控通路的影响;NP暴露对秀丽隐杆线虫整体代谢小分子水平及代谢通路的影响。研究取得的主要成果如下:（1）环境相关浓度下的壬基酚对秀丽隐杆线虫的暴露可显着性抑制其生长发育,干扰脂质贮存过程以及导致生殖系统异常,引起种群结构及内禀增长率发生变化。在400μgL-1NP暴露条件下,秀丽隐杆线虫的体长、体宽及生长曲线发生显着性变化,通过不同生命阶段L1及L4期暴露结果的比较发现,NP所造成的发育干扰可能出现在秀丽隐杆线虫的发育后期。同时,NP暴露引发了线虫脂滴形态改变及脂质密度贮存程度增加、脂质分布比率增大等现象。此外,NP暴露导致秀丽线虫生殖系统出现剂量依赖性异常增加,其浓度为1 μg L-1条件下即显着影响了线虫的生殖器形态,出现了产卵器畸形、受精卵减少以及首日产卵延迟等负面效应,生殖器的异常与子代数目的减少存在一定联系。在生长发育受到影响的基础上,NP暴露显着性影响了秀丽隐杆线虫的种群组成结构,降低了种群数目和种群的扩繁潜力。（2）NP对秀丽隐杆线虫长期低浓度的暴露（例如10μg L-1）造成了神经行为学损伤,包括头部摆动频率、身体弯曲频率、觅食行为及学习塑性行为等异常生理反应。当NP暴露浓度为10～200μg L-1时,活性氧自由基水平（ROS）显着性提高,并且ROS荧光信号在线虫头部分布尤为明显。抗氧实验结果表明线虫的神经行为学得到了一定程度的恢复。压力应答相关指示基因,包括超氧化物歧化酶（SOD）相关基因（sod-1、sod-3）,过氧化氢酶（CTL）相关基因（ctl-2、ctl-3）和细胞色素氧化酶（CYP）相关基因（cyp-35A2）等均出现显着性上调反应,其中通过线虫突变体品系GA186及VC710证实,sod-3基因的过表达对保护机体免受氧化应激损伤起着重要的作用。此外,5-羟色胺合成过程关键限速酶色氨酸羟化酶在ADF和NSM神经元中表达过程受阻,合成及转运过程相关基因（tph-1、cat-1、cat-4、ser-1和mod-5）显着性下调,最终导致5-羟色胺在机体中的浓度水平下降。通过抗氧化剂相关实验验证表明,氧化应激反应和受到干扰的神经递质水平可能是NP神经毒性的主要诱因。（3）研究借助二代Illumina基因测序平台基于秀丽线虫基因数据库共鉴定出127种差异性基因（Fold Change>1.5,FDR<0.05）。根据 Gene Ontology（GO）分析结果,富集到的差异性基因在生物过程（Biological Process）中主要涉及到生长调节及生殖发育调控过程,例如幼虫发育（Nematode larval development）、雌雄同体生殖器发育（Hermaphrodite genitalia development）、生殖过程（Reproduction）、胚胎发育（Embryo development ending in birth or egg hatching）及生长（growth）过程等,其中anc-1、C14C6.5、atp-5和nduf-7等基因的异常表达可能在NP的毒性机制中起重要作用,为前述生长抑制及生殖损伤提供转录水平的机制解释。Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG）分析富集到10条与脂质合成代谢相关通路,表明NP暴露所导致的异常脂质贮存发生在基因调控层面,其中stdh-2、gpx-3、K09H11.7、cpt-1、T01B11.2及cysl-2等上下调参与到该过程。根据qRT-PCR实验验证结果,基因相对定量得到的结果趋势与转录组基本一致。（4）为进一步深入探究转录调控下游小分子代谢物的变化,研究借助UPLC-MS技术对秀丽隐杆线虫对照组及400 μg L-1 NP暴露组进行了代谢层面的比较分析。结果共筛选出431种并有效注释出113种差异代谢物。差异代谢产物功能注释及富集分析采用KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库及人类代谢组（Human Metabolome Database,HMDB）数据库进行比对,共涉及到脂质代谢过程、氨基酸代谢、糖代谢及多巴胺神经递质代谢等过程。胆碱甘油磷脂（Glycerophosphocholine）和柠檬酸（Citramalic acid）的上调与线虫肠道脂质贮存上调关系紧密。羧酸以及衍生物（Carboxylic acids and derivatives）,尤其氨基酸代谢紊乱,通过三羧酸循环（TCA）参与到四大分子的合成代谢过程,对生命活动产生影响。此外,NP暴露引起的儿茶酚胺神经递质的下调在神经行为异常过程中起关键性作用。结合转录组数据分析结果,基因转录调控所引起的代谢物变化为最终生理水平的负面效应提供依据。综上所述,研究发现环境浓度下NP暴露会干扰转录水平及代谢水平的调控稳态,造成秀丽隐杆线虫生长发育、生殖发育及神经系统等损伤,引发机体在个体及种群水平的综合毒性,对生态环境造成潜在威胁。
李紫薇[3]（2020）在《蛋白基因组学中质谱分析方法研究》文中指出随着人类基因组计划的顺利完成,利用蛋白基因组学研究生物体蛋白质已经成为在基因层面准确描述生物体基因组序列并确定其结构的重要手段之一。蛋白质作为基因的最终产物,是DNA、RNA层面遗传信息的直接体现,也是最可靠的判断依据。蛋白基因组学即结合基因组、转录组和蛋白质组数据,通过分析蛋白质氨基酸序列以确定基因组的结构和功能,并在基因组层面上进行表述。本文基于蛋白基因组学研究了在缺少物种参考蛋白质组情况下,如何分析质谱数据以准确识别蛋白质序列的方法。基于所研究方法,本文进一步研究了如何通过不同组学的测序数据,构建样本特定蛋白质肽段序列,从而提高质谱数据对生物体蛋白序列的识别能力。Bottom-up和top-down作为两种主要的质谱检测技术,为生物体蛋白质的鉴定提供了大量的数据。两种技术相结合不但可以准确识别和鉴定生物体蛋白质,发现组织中所有表达的蛋白质序列,同时可以发现物种在蛋白质层面的氨基酸变异和后期转录修饰等,为深入研究基因的结构和功能提供了基础。因此,本文针对蛋白基因组学中质谱识别的问题,开展了以下几方面的研究:（1）提出了一种针对top-down质谱数据的同源蛋白质识别和序列分析方法。在缺少参考蛋白质组的情况下,top-down质谱无法有效识别被检测蛋白质。针对这一问题,本文利用同源蛋白质组代替参考蛋白质组,通过top-down质谱动态规划比对方法,识别了蛋白肽段序列和对应蛋白质。在此基础上,本文进一步设计了一种基于序列相似性的序列比对方法,该方法不但可用于判断被top-down质谱识别到的同源蛋白质或蛋白质变体,而且可用于确定同源序列中的氨基酸变异位置。（2）提出了一种考虑氨基酸变异的蛋白质肽段序列重构方法。样本特定的氨基酸变异使得质谱对参考蛋白质序列的识别敏感度降低。本文利用RNA-seq测序数据和基因组注释信息,重组了样本转录本序列并推测了重组转录本的特定阅读框,进而构建了具有样本特定变异的氨基酸序列,并从中提取了样本特异性肽段序列。相比于参考蛋白组序列,基于重组和注释方法构建的特异性肽段序列与样本真实序列更为接近,从而提高了质谱识别的敏感度。（3）根据物种基因组注释是否已知,提出了一种通过选取适合策略来生成具有样本特定变异肽段序列集的方法。基于RNA-seq测序数据,不同策略可以构建不同的样本肽段序列集,然而质谱对这些肽段序列集的识别敏感度还尚待分析。本文基于RNA-seq测序数据,分别利用不同策略构建了多个样本特异性肽段序列集。Top-down和bottom-up质谱分别搜索这些序列集,并获取相应的谱肽匹配,进而从质谱识别敏感度、氨基酸变异识别和蛋白质变体识别等方面,分析了不同策略的特点和优势,并得到了针对不同实验目的和实验条件来选取适合策略构建具有特定变异肽段序列数据集的方法。利用该方法在很大程度上节约了时间成本,解决了由于肽段序列获取方法不当而导致的质谱识别敏感度低的问题,提高了样本特异性蛋白序列的识别敏感度。（4）提出了一种基于质谱的选择性剪接中跳跃外显子的识别方法。主要用于在蛋白层面对生物体选择性剪接状态进行进一步的描述。本文基于RNA-seq测序数据和基因组注释信息构建了具有特定长度的剪接肽段序列数据库,并利用bottom-up质谱搜索该序列数据库,通过谱肽匹配中肽段序列,识别出选择性剪接中的跳跃外显子。结合基因组学中PSI的概念,本文进一步提出了在蛋白层面验证选择性剪接中跳跃外显子表达的方法,实现了在蛋白层面对选择性剪接的分析和描述。
徐逸卿[4]（2018）在《林木系统发育的计算技术优化研究》文中提出近年来,随着高通量测序技术的迅猛发展,生物数据的存储与管理的规模在不断扩大,各种类型的生物数据成爆炸式增长,逐渐形成了“序列-染色体-全基因组”的不同规模层次的基因数据,林木作为重要的研究对象,其基因学研究也跨入了大数据时代。为了充分存储、管理、挖掘这些海量数据中蕴含的生物信息,在对国内外的研究现状进行分析的基础上,本文利用生物信息学方法以及大数据技术对林木基因组学数据进行了深度挖掘,主要工作和创新如下:1.基于位置特征的序列比对算法及其在遗传功能特征预测中的应用在微观的分子层面,序列比对技术是基因同源性分析的基础,根据基因之间同源性可以获得物种之间的系统发育学关系。为了研究林木的系统发育学关系,本文首次提出一种改进的基于位置特征的序列比对算法——LB-BLAST,并利用该算法结合模式植物拟南芥的完整注释信息,通过同源性匹配原则,首次预测了簸箕柳基因组中相应的遗传功能特征。与传统的BLAST序列比对算法相比,LB-BLAST算法在保证精度的基础上,利用基因之间的位置信息对比对结果进行约束,显着降低了算法的时间复杂度。此外,本文还成功利用LB-BLAST分析了杨树和柳树在进化过程中染色体的断裂和融合现象,给未来的林木进化分析提供了重要的参考。2.林木基因组同源性分析算法及其在林木系统发育中的应用在染色体层面,针对林木基因组种间差异大,生物多样性强的特征,提出一种新的基因同源性分析作图算法,并结合LB-BLAST搭建基因同源性分析的在线平台——VGSC,首次以在线服务的形式对同源物种的基因进行比对,将林木基因组的共线性关系快速高效地转换为可视化的图形,包括点阵图、双重线性图、条状图和圆型图。该分析作图算法结合了矢量图形方向无关性、尺寸无关性的特点,为分析林木基因组的种间关系以及种内基因特征提供了快捷准确的表达基础。利用该方法对簸箕柳的WRKY基因家族进行了进化分析,发现柳树中的WRKY基因家族主要以片段复制的模式在染色体中扩增,只有少数的基因发生了串联复制,表明WRKY基因在簸箕柳中很少出现共表达或者抑制事件,而是分散在不同的染色体上起调控作用。同时,这为验证高等植物在进化过程中发生过两次大规模的染色体复制事件提供了佐证。同时,由于该方法数据结果表达的通用性和易编辑性,特别适用于对高通量测序结果的分析作图研究,因此自发表以来在藜麦、柳树、千惠谷等众多国内外关键性研究中起到了重要的支持作用。3.面向林木细胞器基因组的系统发育树生成方法在全基因组层面,利用植物细胞器基因组在系统发育学上的同源性高度一致的优势,设计了一套新的基于大数据的植物细胞器基因组数据抽取、清洗与可视化方法,并结合不同细胞器的特征设计并实现了面向不同细胞器基因组的系统发育树生成算法,其中:叶绿体基因组中的16S及23S核糖体RNA基因序列长度较长,存在明显的保守区与多变区,是构建叶绿体系统发育树的较好选择,提出了一种基于叶绿体16S或23S rRNA基因快速构建系统发育树的方法;线粒体基因组存在于大多数真核生物中,不但可以用于林木之间的系统发育结构,还可以用于与其他生物的比较基因组学研究,提出了线粒体ORF识别算法以及基于线粒体保守基因的系统发育树构建算法。最终,基于上述全新的方法本文构建了一套面向林木细胞器基因组的系统发育学分析平台,以研究林木之间及林木与其他物种之间的进化关系。综上所述,本文以林木系统发育学研究为目标,由微观到宏观构建了在三个层次提出了对现有林木系统发育学研究的计算优化方案,LB-BLAST首次利用引入序列位置的限制条件优化了微观序列比对,VGSC优化了物种种间和种内同源性分析作图方法,OGTree则第一次在宏观上综合利用大数据技术实现了林木系统进化分析的计算系统,并成功的将这些方法应用于林木基因组研究。
邱霞[5]（2018）在《植物研究中的模式物种》文中研究说明模式生物是长期和反复作为实验模型的物种,通过对这些物种的科学研究来揭示具有普遍规律的生命现象。研究模式生物得到的结论,通常可适用于同类的其他生物,有助于阐明生命的一般规律。本文介绍了植物的23种模式物种及其研究和应用状况,为教学提供参考资料。
张海宁[6]（2015）在《自由运动线虫的4D成像系统的建立及其在神经回路机制研究中的应用》文中认为2013年美国NIH启动的“BAM”脑计划第一步要实现的目标即是完成模式生物线虫的神经回路功能与分子机制的研究。经典模式生物线虫由于具有仅302个神经元的简单神经系统却同时控制着相对复杂多样的行为表型的特点,以及其具备遗传学操作方便且身体透明成像方便等优点,使得线虫成为研究神经回路的细胞机制和分子机制的优秀模型。本文的研究包括了两方面的内容,一方面是设计实现了线虫行为自动分析系统i Be N以及线虫的神经系统活性调控和监测与行为表型关联分析的i Ca N成像系统,使得记录自由运动状态下线虫的神经活性及关联行为输出成为可能,另一方面是借助这套新颖的系统,本文首先研究发现了单个中间神经元如何对外界刺激信号进行计算处理并编码输出不同行为的分子机制和神经回路机制,其次本文还对调节线虫进食行为的神经回路进行了深入研究,研究发现了一个新的负反馈回路在调节抑制线虫进食行为的过程中的重要作用。本文建立的4D（xyzt）成像系统分为两个子系统:一,线虫行为表型自动跟踪和分析系统,即i Be N系统;二,线虫多神经元钙成像及光激活与光抑制系统,即i Ca N系统。线虫行为表型自动跟踪和分析系统通过机器视觉技术对线虫进行数字化建模以后,可以实现对线虫的行为表型自动分析出200多种定量行为参数,其中包括运动速率、爬行轨迹、前进后退运动频率和速率、转弯角度以及进食速率等等多种行为特征。线虫多神经元钙成像系统通过目标跟踪算法,可以锁定自由爬行的线虫的任意单个或多个神经元的钙信号,跟踪系统使得线虫神经元信号与显微镜镜头相对静止,实现了实时监测和分析线虫的神经系统钙活性变化。线虫神经元的光激活与光抑制系统则实现了将可调控的光刺激信号与前述行为分析系统和钙成像系统相关联,使得科研人员可以通过光遗传学操作,实现更多更复杂的神经回路机制研究。本文建立的这套4D成像系统,综合运用了光学、机械结构设计、机器视觉、自动控制等多种技术,使得研究线虫的神经系统功能变得简单方便,更重要的是可以实现很多以前无法进行的实验,实现了MC、M3、ASH、AIB、RIM、NSM、咽部肌肉等多个线虫神经元和肌肉的钙信号和与之关联的行为表型的同步检测和分析。神经元对环境信号进行计算处理的机制,一直是神经生物学领域的重要问题。在线虫简单的大脑内,是如何对外界信号进行计算并输出相应的行为的机制更是知之甚少。在本文建立的4D成像系统的辅助下,本文研究发现了在中间神经元AIB上通过对神经递质谷氨酸拥有不同亲和力的GLR-1和GLR-5两种谷氨酸受体分别介导了AIB神经元释放不同的神经递质,在外界弱刺激信号和强刺激信号的分别作用下,通过AIB神经元的计算处理,分别抑制和激活下游神经元RIM实现了对不同强度信号做出不同行为反应。这一分子机制的发现,对神经元的计算机制给出了一种新的解释,同时也说明了线虫拥有一个不简单的“大脑”。进食行为是生物体最重要的基本行为之一,是生物体生存的基础。生物体在处理环境中的复杂信号和刺激时,神经系统是如何进行信号的感受、处理和反馈行为输出还不是很清楚。借助本文建立的4D成像系统,本文研究了调节线虫进食行为的神经回路,并新发现由中间神经元AIB和RIM组成的一个反馈神经回路,在抑制线虫进食行为的调节中起到了重要的作用。反馈回路的实现是通过RIM分泌释放的神经递质酪胺Tyramine反馈到AIB上的TYRA-3受体感受。AIB和RIM组成的这个反馈回路,起到了为线虫过滤来自环境中刺激信号的作用。本文同时还发现这种信号的过滤功能是通过AIB上代谢型酪胺受体TYRA-3对离子型谷氨酸受体的抑制作用实现的。
付晓腾[7]（2014）在《栉孔扇贝（Chlamys farreri）高密度图谱构建和基因组框架图绘制》文中提出栉孔扇贝Chlamys farreri （Jones et Preston1904）作为双壳类的一种，是我国极具商业价值的重要经济种。本研究借助二代测序平台，建立了栉孔扇贝高通量SNP开发与分型技术，构建了高精度图谱，进行了经济性状的精细定位，绘制了基因组框架图谱，并实现了遗传图谱与序列图谱的整合，为扇贝基因组学研究提供了较为全面的序列信息和整合的资源工具，也为双壳贝类生长繁殖机制、进化适应性机制和基因组辅助育种研究提供了新的起点。1栉孔扇贝高通量SNP开发与分型技术的建立本研究首先对2b-RAD技术进行了改进和优化，包括限制性内切酶选择、选择性碱基确定和barcode设计三方面，建立了高通量SNP开发技术。本研究还开发了适合无参照基因组的非模式生物作图群体的SNP分型策略，将共显性和显性标记的分型算法整合成流程化软件RADtyping，并对其分型结果进行了评价。拟南芥拟测交F1群体模拟数据的分型结果评价显示：当亲本测序深度均超过10x，高于98%的位点源于基因组单拷贝区，说明RADtyping可有效过滤重复序列。当亲本和子代测序平均深度均达20x，共显性标记分型准确性达97%；显性标记分型准确性则在较低测序深度下就可达98%。对作图群体而言，当每个亲本和子代的平均测序深度均至少20x则可满足分型准确性的要求。通过比较两套重复测序文库分型结果发现，共显性标记一致性达96%，显性标记分型一致性达99%。对RADtyping分型得到的8个共显性和8个显性标记位点进行Sanger测序的结果显示共显性标记验证率达96%，显性标记验证率达97%，验证了RADtyping在无参照基因组SNP分型的准确性。2栉孔扇贝高精度图谱构建和重要经济性状的QTL定位本研究构建了栉孔扇贝首张高密度遗传连锁图谱。整合图谱包含3,806个SNP，分布于19个连锁群，图谱总长1543.4cM，标记平均间隔为0.41cM，基因组覆盖率达99.5%，623个SNP注释到功能基因，平均重组率为1.3cM/Mb。生长性状的QTL定位显示：于1号和3号连锁群分别检测到一个显着的QTL区间，各解释表型变异的11.4%和16.9%。关联分析结果与QTL定位有较为一致的趋势，验证了QTL定位的可靠性。3号连锁群QTL区间内的f68558标记位于转录因子PROP1（Homeobox protein prophet of Pit-1）的内含子中，已知PROP1具有调控生长激素分泌的作用，在动物中生长激素可调控生长、细胞分裂和再生，推测PROP1基因可能是控制栉孔扇贝体尺性状的主效基因。性别相关的QTL被定位于11号连锁群的0.37cM的区间，关联分析鉴别到27个显着与性别相关的标记（P <1E-6）且位于QTL定位的区间中。标记f93422位于转录因子ZNFX1（NFX1-type zincfinger-containing1）中，已有研究表明河豚中ZNFX1与性别决定基因AMHR2（anti-Mullerian hormone receptor type II）紧密连锁。本研究为解析扇贝生长和繁殖调控机制提供了候选位点。3栉孔扇贝全基因组序列图谱绘制及与遗传图谱的整合本研究根据扇贝基因组高度杂合高重复序列含量的特点，选用家系来源的一只贝为材料，搭配构建不同长度DNA插入片段文库进行测序，获得栉孔扇贝的基因组测序数据。组装采用先将两套杂合contigs分出后，单倍体基因组单独拼装再整合的策略进行栉孔扇贝全基因组框架图谱的绘制。拼接共获得143,162条scaffolds，scaffold N50为528.6Kb，总长度约805Mb；Contigs共192,003条，contig N50达到21.5Kb，总长为777Mb。基因组scaffolds覆盖了93%的转录组序列，基因预测获得20,573个基因，其中62.7%的基因获得功能注释，基于同源比对和从头预测获得的重复序列占基因组序列的12.7%。借助遗传图谱，与基因组框架图谱和物理图谱进行了整合。从染色体水平，排序了2,923条scaffolds。栉孔扇贝基因组框架图谱的获得，为解析双壳类系统进化、环境适应机制和生长、发育、繁殖等生物学问题提供了重要基础资源，同时为栉孔扇贝基因组精细图谱绘制奠定了基础。
方旅平[8]（2017）在《度夏仿刺参腐皮综合征病原研究及伯麦罗弧菌诱导的SSH文库构建与ESTs分析》文中研究说明仿刺参[Apojtichopus japonicus,（Selenka,1867）]是我国海洋重要养殖经济动物,长期以来我国仿刺参养殖产业一直在北方地区开展,但目前仿刺参的人工养殖出现南移趋势,随着南方养殖规模的逐年扩大,养殖管理的不规范,导致仿刺参爆发病害,其中,腐皮综合征是目前南方仿刺参养殖过程中最常见的疾病。南方夏季水温高,仿刺参免疫力下降,此时最易发病,在病害爆发时可导致大规模个体死亡,严重威胁着我国南方仿刺参养殖产业。本研究致力于明确南移养殖度夏仿刺参腐皮综合征的病原菌,建立病原菌的快速鉴别技术;同时结合分子生物学技术研究腐皮综合征病原菌入侵仿刺参时的免疫防御机制,特别是分离腐皮综合征病原菌诱导下的差异表达基因,了解其表达模式,探讨腐皮综合征病原菌的诱导和免疫相关基因的关系,为克隆免疫相关基因创造条件,深入阐述仿刺参的免疫防御机制和培育抗病新品种奠定基础。主要结果如下:1.从患有腐皮综合征的度夏仿刺参上分离纯化获优势菌株,人工回接感染实验验证其为病原菌。利用注射感染和浸浴感染两种方式了解该病原菌对仿刺参的致病性,发现两种方式均能诱导发病,从而证明了本实验分离的菌株对仿刺参具有较强致病性。综合采用3种方法全面了解病原菌的特征并加以鉴定,确定该病原菌为伯麦罗弧菌（Vibrio pomeroyi Thompson etal,2003）。研究表明,基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术准确、便捷、重复性高,非常适合于传统鉴定方法易混淆的弧菌种类鉴别,可作为病原菌快速鉴别的方法。2.将本次实验获得的伯麦罗弧菌菌株V.pomeroyiSUS与分离自巴西海域的V.pomeroyi LMG20537T（典型菌株）以及分离自彼得大帝湾的V.pomeroyi 929进行比较,结果表明来自不同海域的菌株对盐度和温度的耐受性与其生长的环境密切相关,表现出不同海域间的明显差异,其中采自夏季福建海域的V.pomeroyi SUS相对其他2个菌株对高温具有较好的耐受性;来自于巴西圣卡塔琳娜州盐度较高海域的的典型菌株V.pomeroyi LMG20537.T与另2株采集自盐度相对较低海域（福建莆田、彼得大帝湾）的菌株相比,对盐度具有较高的耐受性,能在含8%NaCl培养基上生长。3.采用抑制性消减杂交技术,以仿刺参体内承担主要免疫作用的体腔细胞为材料,构建了仿刺参经伯麦罗弧菌诱导的抑制性差减杂交cDNA文库。文库中的808个阳性克隆提取质粒后测序,共得到806条高质量序列,聚类后共获得318个unigene。对基因进行GO分类,发现GO分类为生物过程的unigene数量最多,细胞组分和分子功能的unigene数量比较持平。在细胞组分注释类别下,以细胞组成（cellpart）最多;在分子功能类中蛋白质结合功能（protein binding）最多;而在生物过程中,生物学调节过程（regulation of biological process）是包含差异基因最多的类别。4.据生物信息学分析结果,筛选出C型凝集素（contig116和contig17）、含铁蛋白（B07和H0 1）和血清样淀粉蛋白A（contig96）5个与免疫相关的ESTs。利用荧光实时定量PCR技术研究仿刺参5个ESTs在伯麦罗弧菌诱导下的差异表达,结果表明:C型凝集素由于种类不同,在病原菌诱导后在体腔细胞中随时间推移其表达量的变化模式不同;但在病原菌诱导后24h,两者在不同组织/器官中的表达分布模式比较一致,均在体腔细胞中表达量最高,体壁组织中表达量最低,contig17在体壁组织中甚至没有表达。血清淀粉样蛋白A在病原菌诱导后24h出现上调,48h转而下降,根据该蛋白的特性,我们可推断伯麦罗弧菌诱导48h后已不属于仿刺参对病原菌反应的急性期。含铁蛋白包括铁蛋白（B07）和核糖核苷酸还原酶（H01）,前者于病原菌诱导后在呼吸树中的表达量最高;后者则在体腔细胞中表达量最高,呼吸树次之。两者在病原菌诱导后时间序列上的表达模式也不同,铁蛋白在24h出现下调,而核糖核苷酸还原酶却在24h出现上调。可见含铁蛋白不仅具有氧的运输和电子转运功能,同时也与免疫防御息息相关。
姜玮[9]（2012）在《基于模式生物斑马鱼的“藻戟遂芫俱战草”急性毒性相互作用研究》文中认为“十八反”是古今中医用药配伍禁忌经验总结的核心内容,为中医临床用药的安全有效发挥了重要作用。随着人类社会的进步和医疗健康需求的不断提高,中药安全性问题日益受到社会广泛关注。本论文得到国家重点基础研究发展计划（973计划）——“基于十八反的中药配伍禁忌理论基础研究”的资助,基于模式生物斑马鱼,通过观察甘遂-甘草、海藻-甘草、大戟-甘草和芫花-甘草各反药组合的急性毒性与相互作用研究,为“十八反”中“藻戟遂芫俱战草”各反药组合“相反”的客观界定提供实验依据。第一章文献研究第一节模式生物是现代科学研究中必不可少的重要试验材料,本章对目前比较常用的模式生物斑马鱼、果蝇、线虫等进行了介绍,主要包括它们的发生发展及各自所具有的应用特点等。第二节本章主要介绍模式生物斑马鱼的起源、发展、自身特点,以及在不同领域的应用。并着重说明斑马鱼在中医药领域中的应用现状,特别是在中药毒性研究方面所具有的特色,为本研究工作提供了依据。第二章“藻戟遂芫俱战草,”各反药组合样品制备基于响应曲面分析药物相互作用的样品制备要求,将海藻-甘草、大戟-甘草、甘遂-甘草及芫花-甘草分别按 15 组配比（1:150、1:67、1:39、1:25、1:17、1:11、1:6、1:4、1:2.8、1:1.8、1:1.2、1:0.84、1:0.6、1:0.36、1:0.2）进行水提液样品制备;甘遂-甘草按8组配比（1:6、1:2.8、1:1.8、1:1.2、1:0.84、1:0.6、1:0.36、1:0.2）进行先醇提后水提液样品制备。总共得到样品68份。第三章基于斑马鱼的甘遂-甘草反药组合急性毒性及相互作用研究第一节甘遂不同提取物对斑马鱼急性毒性的初步观察采用回流提取方法制备甘遂水提物、醇提物、先醇提后水提物;将甘遂不同提取物按几何级数设置浓度梯度,添加到斑马鱼只生活的水中,观察给药后96 h斑马鱼的死亡情况,以此为判断待测药物毒性大小的依据,采用SPSS13.0软件计算各药物对斑马鱼的半数致死浓度（LC50）。发现甘遂先醇提后水提物急性毒性最强,醇提物毒性其次,水提物毒性最弱,为进一步认识与评价甘遂的毒性作用提供了依据。第二节甘遂-甘草反药组合水提单煎混合液急性毒性及相互作用研究甘遂与甘草分别用水单独煎煮后,然后按照15个不同比例混合形成合并液。并将甘遂-甘草按递增梯度设置10组不同浓度,添加到斑马鱼生活的水中,观察给药后96h斑马鱼的死亡情况,统计各组死亡率,按照响应曲面分析法绘制曲面。结果显示:甘遂-甘草比例在1:20～2:1、甘遂浓度在31～62 μg/mL及甘草浓度在471.5～9430 μg/mL范围时呈现协同作用;甘遂-甘草比例在1:3～8:1、甘遂浓度在31～248 μg/mL及甘草浓度在471.5～1414.5μg/mL范围时呈现拮抗作用;而在其它量比范围内协同作用与拮抗作用均不明显。选择具有代表协同、相加、拮抗作用的配比点进行实验,结果甘遂-甘草协同作用与拮抗作用均得到有效验证。由此得出,甘遂-甘草分煎合并液在不同量比条件下药物相互作用的性质与程度都有不同。第三节甘遂-甘草反药组合先醇提后水提液急性毒性及相互作用研究基于甘遂在临床应用时常用散剂,故将甘遂与甘草按8个不同比例合并后先用95%甲醇提取,再用水提取,最后挥至无醇味,合并提取液以模拟散剂用药。并将甘遂-甘草按递增梯度设置8组不同浓度组,添加到斑马鱼生活的水中,观察给药后96 h斑马鱼的死亡情况,统计各组死亡率。结果发现斑马鱼没有表现出明显的相互作用。第四节甘遂-甘草反药组合水提合煎液急性毒性相互作用甘遂与甘草按15个不同比例混合后用水煎煮,形成合煎液。并将甘遂-甘草按递增梯度设置10组不同浓度,添加到斑马鱼生活的水中,观察给药后96 h斑马鱼的死亡情况,统计各组死亡率,按照响应曲面分析法绘制曲面。结果显示,大多数比例呈现出协同作用,尤其是当甘遂-甘草比例在1:30～2:1、甘遂浓度在31～93 μg/mL及甘草浓度范围在471.5～943 μg/mL时这一条带最为明显;甘遂-甘草比例在1:12～2:3、甘遂浓度在434～651 μg/mL及甘草浓度在943～4715 μg/mL范围时呈现拮抗作用;而在其它比例与范围内协同作用与拮抗作用均不明显。选择具有代表协同、相加、拮抗作用的配比点进行实验,其结果均得到有效验证。因此得出,甘遂-甘草合煎液在不同配比条件下致毒增毒程度有明显不同。第五节甘遂-甘草相互作用代表性组合对斑马鱼体内组织器官的影响采用回流提取方法分别制备甘遂-甘草反药组合水提合煎液最具有协同、相加及拮抗作用的三组配比,添加到鱼只生活的水中,每隔24h取出活泼的2只鱼,进行病理切片研究。发现甘遂-甘草反药组合水提合煎液主要是对斑马鱼体内消化器官产生损伤,而且随着时间的延长损伤程度加重;其中协同组损伤最为严重,相加组其次,拮抗组损伤最为轻微。斑马鱼的死亡原因可能是甘遂-甘草反药组合配伍使用后加剧了对其体内消化器官的影响,为进一步认识与评价甘遂-甘草反药组合配伍后使用的毒性作用提供了依据。第六节基于UPLC-TOF-MS的甘遂-甘草相互作用代表性组合差异性成分研究采用UPLC-TOF MS对甘遂-甘草反药组合中代表协同、拮抗组水提合煎混合液与水提单煎液所含化学成分进行差异性成分分析,对所建立的化学指纹信息采用正交偏最小二乘判别分析法（OPLS-DA）,分析其导致毒性程度加大的指标性化学成分。发现至少14个潜在化学组分能够显着区分甘遂-甘草协同、拮抗作用组水提合煎混合液与水提单煎液,其中有4个出现在水提合煎液中的化学组分在水提单煎混合液中未出现,1个组分在水提单煎混合液中出现的在水提合煎液中没有出现。实验表明这些配伍前后的差异性化学成分有可能是导致甘遂-甘草反药组合毒性增强的原因。第四章基于斑马鱼的海蓬-甘草反药组合水提合煎液急性毒性及相互作用研究海藻与甘草按15个不同比例混合后用水煎煮成合煎液。并将海藻-甘草按递增梯度设置8组不同浓度,添加到斑马鱼生活的水中,观察给药后96 h斑马鱼的死亡情况,统计各组死亡率,按照响应曲面分析法绘制曲面。结果显示,海藻-甘草比例在1:1354～1:60、海藻浓度在3.134～6.268 mg/mL及甘草浓度在9.43～94.3 mg/mL范围时呈现协同作用;呈现拮抗作用范围较大,海藻-甘草比例在1:16～1:3、海藻浓度在6.268～31.34mg/mL及甘草浓度在0～94.3 mg/mL范围时呈现拮抗作用;而在其它量比范围内协同作用与拮抗作用均不明显。第五章基于斑马鱼的大戟-甘草反药组合水提合煎液急性毒性及相互作用研究大戟与甘草饮片15个不同比例混合后用水煎煮,形成合煎液。并将大戟-甘草按递增梯度设置8组不同浓度组,添加到斑马鱼生活的水中,观察给药后96 h斑马鱼的死亡情况,统计各组死亡率,按照响应曲面分析法绘制曲面。结果显示,在大戟-甘草比例在1:123～1:9、大戟浓度在0～0.54 mg/mL及甘草浓度范围在4.7～66.0 mg/mL时这一条带范围协同作用最为显着;呈现拮抗作用的范围占绝大多数,大戟-甘草比例范围在1:23～1:10、大戟浓度在0～188.0mg/mL及甘草浓度范围在0～1650.3 mg/mL呈现出拮抗作用;在其它比例与浓度范围协同作用与拮抗作用均不明显。第六章基于斑马鱼的芜花-甘草反药组合水提合煎液急性毒性及相互作用研究芫花与甘草饮片15个不同比例混合后用水煎煮,形成合煎液。并将芫花-甘草按递增梯度设置8组不同浓度组,添加到斑马鱼生活的水中,观察给药后96 h斑马鱼的死亡情况,统计各组死亡率,按照响应曲面分析法绘制曲面。结果显示,呈现出协同作用的范围较大,尤其在芫花-甘草比例在1:380～1:38、芫花浓度在0～98μg/mL、甘草浓度在3.78～37.8 mg/mL这一条带范围协同作用最为显着;而当芫花-甘草比例在1:3～5:8、芫花浓度在294～784 μg/mL及甘草浓度在471.5～2357.5 μg/mL时这一条带范围拮抗作用较为明显;而在其它比例与浓度范围内协同作用与拮抗作用均不明显。结论:本论文建立了基于斑马鱼的毒性快速评价体系,定量评价了中药“十八反”中“藻戟遂芫俱战草”4组反药组合药物相互作用,发现每组药物不同量比相互作用的性质与程度明显不同,并且都具有明显的协同增毒量比范围。比较来看,协同增毒量比范围最大的是芫花-甘草组,其次是大戟,最小是甘遂。对于斑马鱼,其毒性靶器官主要表现为消化系统。说明“藻戟遂芫俱战草”4组反药组合都具有“反”的特征,其中芫花-甘草组“相反”特征最为明显。本研究结果为确切回答“藻戟遂芫”与甘草配伍反与不反及其致毒/增毒特点提供了科学依据。本论文的特色和创新点为:1.采用模式生物斑马鱼作为实验动物来研究中药配伍的急性毒性及相互作用研究,为斑马鱼在中医药现代研究方面的应用提供了参考;2.采用响应曲面分析法来设计与研究二味药配伍使用后药物相互作用的性质与程度,为相关研究提供了思路与方法等方面的借鉴。
陈玉华[10]（2011）在《家蚕精巢蛋白表达谱分析及精子形成的相关研究》文中认为家蚕（Bombyx mori,L.）不仅是一种重要的经济昆虫,也是一种有中国特色的重要模式生物。家蚕基因组计划推动了家蚕模式化生物系统研究,从基因组到蛋白质组是家蚕研究的自然进程。以蛋白质组学为主要内容的家蚕功能基因组研究对于加快家蚕模式化研究进程、建立现代蚕桑产业技术体系、推动蚕丝产业发展具有重要的意义。建立家蚕蛋白组研究技术平台,利用家蚕开发实验动物模型替代,也是家蚕模式化生物系统研究的重要任务。精巢是雄蚕内部生殖器官,精子形成的场所。和大部分鳞翅目昆虫一样,家蚕具有精子二型性:上蔟吐丝前产生有核精子,之后则产生无核精子。精子形成过程,受到多种调控机制的影响:激素调控、营养调控、生态因子调控、基因调控等。研究家蚕精子形成和二型分化的分子机制,有助于搞清家蚕性别决定和分化、实现性别控制,达到提高丝质、专养雄蚕;有助于寻找优良品种选育所需要的蛋白分子标记;有利于发现农药的生殖毒性新靶标,开发新农药贡献于农业害虫控制;有助于加深对雄性生殖发生、生殖障碍、生殖调控分子机制等生殖相关基础生物学的认识。本文利用shotgun LC-MS/MS和双向电泳的方法,鉴定了家蚕5龄幼虫和蛹中期精巢蛋白质组;建立了家蚕5龄幼虫和蛹期的蛋白质标准表达谱图,并对5龄起蚕和化蛾前精巢部分差异表达蛋白点进行了鉴定;对部分精子形成相关基因进行了定量分析。建立了生精囊体外培养系,测定了双酚A对家蚕生精囊体外形成精子的影响。本研究为家蚕功能基因研究和新农药作用靶标开发提供了大量的研究对象,并对利用家蚕开发环境激素初筛、生殖毒理研究动物模型做了一些探讨。1.家蚕精巢shotgun法蛋白组表达谱鉴定利用家蚕预测蛋白数据库（silkDB:silkdatabase）和NCBI（National Center for Biotechnology Information）上已有家蚕蛋白,建立本地家蚕蛋白数据库。用shotgun LCMS/MS法鉴定了家蚕5龄幼虫和蛹中期精巢蛋白质组,分别获得753和498种蛋白质,其中二者共有蛋白为351种。建立了共有900种蛋白的家蚕精巢蛋白组数据库,为家蚕精巢功能基因组研究,新农药靶标开发提供了大量研究对象。鉴定蛋白的预测分子量、等电点分析表明,精巢中酸性蛋白稍多,蛹期以后大分子量蛋白比例减少。GO注释（Gene Ontology Annotation）分析表明,主要鉴定蛋白属于细胞组分、细胞器和大分子复合物;大部分蛋白参与代谢和细胞过程,并发现了多种与外部刺激响应有关的热激蛋白。分子功能注释表明鉴定的蛋白主要和催化、绑定功能有关。分析还发现精巢中有大量和色素沉积相关蛋白。5龄幼虫和蛹中期精巢差异表达蛋白GO分析表明,二者在细胞内部和细胞器成分上有明显差异;核苷酸、核酸、GTP结合蛋白等方面在数目和功能上差异显着;而在生物过程的差异主要表现在翻译和翻译后修饰方面。具体比较了两者之间在核蛋白上的差异。2.家蚕精巢蛋白组双向电泳研究对家蚕5龄起蚕到化蛾前家蚕精巢进行了双向电泳分析,建立了5龄幼虫和蛹期精巢蛋白质组双向电泳的标准图谱。并利用MALDI TOF/TOF质谱鉴定了22个差异或特异表达的蛋白点,获得其中9个家蚕蛋白,分别是:Ssu72蛋白（Ssu72 RNA polymerase II CTD phosphatase）、ABC转运蛋白（ABC transporter）、神经钙蛋白（海马钙结合蛋白）类似物（ neurocalcin homolog ; hippocalcin ）、未知蛋白（BGIBMGA014561-PA）、Tar DNA结合蛋白类似物（TBPH:TAR DNA binding protein homolog）、谷胱甘肽S转移酶ε2 （glutathione S-transferase sigma 2）、伴侣素（chaperonin）、热激蛋白19.5（19.5 kDa heat shock protein）、热激蛋白20.1 （heat shock protein 20.1）、热休克共轭蛋白（heat shock cognate protein）。3.家蚕精巢热激蛋白、细胞周期蛋白家族基因的转录表达水平分析对不同发育时相家蚕精巢中热激蛋白和细胞周期蛋白家族基因,进行了的转录水平分析。发现家蚕精巢中,热激蛋白家族hsp20.1（hsp:hot shock protein）、hsp20.4、hsp20.8相对表达量比较大,在5龄中期和化蛹前后有表达高峰,化蛾前迅速降低;hsp25.4、hsp70、hsp90表达量相对比较少。推测,小分子热激动蛋白与精子形成有密切关系。而细胞周期蛋白家族中cyclinB转录表达量最高,cyclinA非常少且随着发育进程变动不大。转录变动规律来看cyclinB最高和cyclinL1最相似,可能两者具有协同作用。4.双酚A对体外培养家蚕生精囊形成精子的影响建立了家蚕5龄起蚕到化蛾阶段精子发育进程的标准谱图,观察到有核和无核精子在分化成熟中的形态差异。建立了家蚕生精囊体外培养体系,并尝试利用双酚A作为低毒环境激素模式药物,研究了环境激素对家蚕生长发育和精子发生形成的影响。研究结果发现但家蚕生精囊体外培养时对外源物质敏感,可用作化学物质毒理初筛实验。
二、几种模式生物的后基因组研究进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、几种模式生物的后基因组研究进展（论文提纲范文）
（1）地衣芽孢杆菌及黄芪提取物对InR[E19]/TM2果蝇的影响及机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 糖尿病研究进展 |
| 1.1.1 T1D |
| 1.1.2 T2D |
| 1.1.3 现有降糖药物概述 |
| 1.2 肠道菌群与糖尿病的研究进展 |
| 1.2.1 肠道菌群概况 |
| 1.2.2 肠道菌群与T2D的关系 |
| 1.2.3 肠道菌群失衡的防治方法 |
| 1.2.4 益生菌概况 |
| 1.2.5 益生菌与T2D |
| 1.3 中草药与T2D的研究进展 |
| 1.4 用于糖尿病研究的模式动物 |
| 1.4.1 主要模式动物 |
| 1.4.2 黑腹果蝇作为模式生物的介绍 |
| 1.4.3 果蝇糖尿病模式生物 |
| 1.5 地衣芽孢杆菌和黄芪提取液干预T2D的可能性 |
| 1.5.1 地衣芽孢杆菌与T2D |
| 1.5.2 黄芪提取液与T2D |
| 1.5.3 有益菌中药合生元与T2D |
| 1.6 本课题研究目的、内容与意义 |
| 第二章 整肠生中地衣芽孢杆菌菌株的筛选 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料与仪器 |
| 2.1.2 细菌的分离与纯化 |
| 2.1.3 葡萄糖标准曲线的制备 |
| 2.1.4 菌株糖代谢能力测定 |
| 2.1.5 菌株的形态学及生化特性分析 |
| 2.1.6 菌种的保藏 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 葡糖糖标准曲线的绘制 |
| 2.2.2 菌株糖代谢能力测定结果 |
| 2.2.3 BL-01 菌株的鉴定结果 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 地衣芽孢杆菌及中药黄芪提取液对InR~([E19])/TM2 果蝇相关生理指标的影响 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料与仪器 |
| 3.1.2 InR~([E19])/TM2 果蝇的扩繁、分组与取样 |
| 3.1.3 地衣芽孢杆菌及中药黄芪对InR~([E19])/TM2 果蝇寿命的影响 |
| 3.1.4 地衣芽孢杆菌及中药黄芪对InR~([E19])/TM2 果蝇体重的影响 |
| 3.1.5 地衣芽孢杆菌及中药黄芪对InR~([E19])/TM2 果蝇抗氧化酶活性、丙二醛(MDA)含量、血糖(GLU)浓度的影响 |
| 3.1.6 统计分析 |
| 3.2 .结果与分析 |
| 3.2.1 InR~([E19])/TM2 雄性果蝇的扩繁、挑选与培养 |
| 3.2.2 各组InR~([E19])/TM2 雄性果蝇取样数目 |
| 3.2.3 地衣芽孢杆菌及中药黄芪对InR~([E19])/TM2 果蝇寿命的影响结果 |
| 3.2.4 地衣芽孢杆菌及中药黄芪对InR~([E19])/TM2 果蝇体重的影响结果 |
| 3.2.5 地衣芽孢杆菌及中药黄芪对InR~([E19])/TM2 果蝇SOD、CAT、MAD和 GLU的影响结果 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 地衣芽孢杆菌及中药黄芪提取液对InR~([E19])/TM2 果蝇肠道菌群变化的影响 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料与仪器 |
| 4.1.2 16S rDNA高通量测序文库的构建 |
| 4.1.3 16S rDNA高通量测序数据分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 细菌16S rDNA V4 目标片段PCR扩增结果 |
| 4.2.2 高通量测序数据统计 |
| 4.2.3 α-多样性分析(Alpha Diversity) |
| 4.2.4 β-多样性分析(Beta Diversity) |
| 4.2.5 肠道菌群丰度分析 |
| 4.2.6 LEfSe分析(LDA Effect Size) |
| 4.2.7 PICRUSt功能预测 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（2）环境激素壬基酚对秀丽隐杆线虫的多毒性效应及组学机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词对照表 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 壬基酚的污染现状 |
| 1.2.1 壬基酚在水体和土壤中的分布 |
| 1.2.2 壬基酚在食品中的分布 |
| 1.2.3 壬基酚在大气及灰尘中的分布 |
| 1.2.4 壬基酚对生物体的暴露 |
| 1.3 壬基酚暴露的毒性研究进展 |
| 1.3.1 内分泌干扰毒性 |
| 1.3.2 生殖毒性 |
| 1.3.3 免疫毒性 |
| 1.3.4 神经毒性 |
| 1.4 秀丽隐杆线虫 |
| 1.4.1 秀丽隐杆线虫在生态毒理学中的优势 |
| 1.4.2 秀丽隐杆线虫在生态毒理学上的应用 |
| 1.5 研究目的与意义 |
| 1.6 研究内容与技术路线 |
| 1.6.1 研究内容 |
| 1.6.2 技术路线 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 主要试剂、耗材及仪器 |
| 2.1.1 实验试剂 |
| 2.1.2 实验仪器 |
| 2.2 主要培养基及溶液的配制 |
| 2.3 线虫品系及NP染毒方法 |
| 2.4 秀丽隐杆线虫培养条件 |
| 2.4.1 大肠杆菌E.coil OP 50的培养 |
| 2.4.2 线虫同期化处理 |
| 2.5 指标测定方法 |
| 2.5.1 头部摆动频率 |
| 2.5.2 身体弯曲频率 |
| 2.5.3 觅食行为 |
| 2.5.4 化学趋向性行为 |
| 2.5.5 泵咽抽动频率 |
| 2.5.6 体长和体宽 |
| 2.5.7 体面积及生长曲线 |
| 2.5.8 子代数目 |
| 2.5.9 生殖腺 |
| 2.5.10 种群数目及组成 |
| 2.5.11 脂滴染色 |
| 2.5.12 活性氧自由基(Reactive oxygen species,ROS) |
| 2.5.13 转基因荧光蛋白定量测试 |
| 2.5.14 血清素的提取 |
| 2.5.15 实时定量PCR |
| 2.5.16 转录组 |
| 2.5.17 代谢组实验分析方法 |
| 2.6 数据分析 |
| 第3章 壬基酚对秀丽隐杆线虫发育及生殖系统的影响 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验设计 |
| 3.2.1 线虫暴露培养方法 |
| 3.2.2 NP暴毒液配制及暴露方法 |
| 3.2.3 测试指标 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 NP暴露对线虫体长,体宽及生长曲线的影响 |
| 3.3.2 NP暴露对线虫脂肪积累程度的影响 |
| 3.3.3 NP暴露对线虫泵咽频率的影响 |
| 3.3.4 NP暴露对线虫生殖腺形态的影响 |
| 3.3.5 NP暴露对线虫子代数目的影响 |
| 3.3.6 NP暴露对线虫种群动态的影响 |
| 3.4 小结 |
| 第4章 壬基酚暴露对秀丽隐杆线虫神经系统的影响 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验设计 |
| 4.2.1 线虫品系及暴露培养方法 |
| 4.2.2 NP暴露液配制及暴露方法 |
| 4.2.3 测试指标 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 NP暴露对线虫神经行为学的影响 |
| 4.3.2 NP暴露对活性氧自由基(ROS)的影响 |
| 4.3.3 NP暴露对氧化应激相关基因转录表达的影响 |
| 4.3.4 NP暴露对氧化应激相关突变体的影响 |
| 4.3.5 抗氧化剂对NP暴露后行为学的影响 |
| 4.3.6 NP暴露对TPH表达的影响 |
| 4.3.7 NP暴露对5-HT含量的影响 |
| 4.3.8 NP暴露对5-HT相关基因表达的影响 |
| 4.3.9 抗氧化剂对NP暴露的拮抗作用 |
| 4.4 本章小结 |
| 第5章 壬基酚暴露对秀丽隐杆线虫基因转录水平的影响 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 线虫培养及暴露方法 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 RNA提取质量检测及基因组比对结果 |
| 5.3.2 差异表达分析 |
| 5.3.3 GO注释及功能富集结果分析 |
| 5.3.4 KEGG富集分析 |
| 5.4 本章小结 |
| 第6章 壬基酚暴露对秀丽隐杆线虫代谢扰动的研究 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 实验设计 |
| 6.2.1 线虫暴露培养方法 |
| 6.2.2 NP暴毒溶液配制及暴露方法 |
| 6.3 实验结果 |
| 6.3.1 数据质控 |
| 6.3.2 数据统计及分析 |
| 6.3.3 NP暴露对代谢通路分析 |
| 6.3.4 NP暴露对脂肪代谢的影响 |
| 6.3.5 NP暴露对糖代谢的影响 |
| 6.3.6 NP暴露对氨基酸代谢的影响 |
| 6.3.7 NP暴露对神经递质的影响 |
| 6.3.8 转录组与代谢组联合分析 |
| 6.4 本章小结 |
| 第7章 秀丽隐杆线虫评估体系在复杂污染物中的快速评估应用 |
| 7.1 引言 |
| 7.2 实验方法 |
| 7.3 实验结果 |
| 7.3.1 柴油颗粒对秀丽隐杆线虫的影响 |
| 7.3.2 毒死蜱降解过程对秀丽隐杆线虫的毒性影响 |
| 7.3.3 毒性评估对比 |
| 7.4 本章小结 |
| 第8章 结论、创新点与展望 |
| 8.1 结论 |
| 8.2 创新点 |
| 8.3 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间发表学术论文情况 |
（3）蛋白基因组学中质谱分析方法研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 课题研究的背景和意义 |
| 1.2 国内外研究现状 |
| 1.2.1 蛋白基因组学的发展 |
| 1.2.2 基于蛋白基因组学的蛋白序列识别研究现状 |
| 1.3 论文的创新点 |
| 1.4 论文的组织结构 |
| 第2章 基于Top-down质谱的同源蛋白序列识别研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 Top-down技术及质谱匹配问题 |
| 2.2.1 Top-down质谱技术 |
| 2.2.2 Top-down质谱搜库存在的问题 |
| 2.3 基于top-down质谱的同源序列识别方法 |
| 2.3.1 同源序列的选择 |
| 2.3.2 基于动态规划算法的top-down质谱识别方法 |
| 2.4 基于序列相似性的序列比对方法 |
| 2.4.1 同源蛋白质的序列相似性 |
| 2.4.2 同源蛋白序列搜索 |
| 2.4.3 同源蛋白片段提取 |
| 2.4.4 同源序列准确性判定方法 |
| 2.5 变异识别与准确性判定 |
| 2.5.1 基于贝叶斯模型的变异位置识别方法 |
| 2.5.2 同源序列中变异位置准确性的判断方法 |
| 2.6 实验方法 |
| 2.6.1 实验数据 |
| 2.6.2 实验方案 |
| 2.7 实验结果与分析 |
| 2.7.1 蛋白质组序列相似性 |
| 2.7.2 质谱识别敏感度 |
| 2.7.3 同源蛋白质组中质谱的识别比率 |
| 2.7.4 变异位置准确性评估 |
| 2.8 本章小结 |
| 第3章 基于重组和注释的肽段序列构建与识别研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 质谱与肽段序列的匹配问题 |
| 3.3 转录本重组与特定阅读框推断 |
| 3.3.1 基于RNA-seq的转录本重组方法 |
| 3.3.2 重组转录本序列位置识别 |
| 3.3.3 特定阅读框推断方法 |
| 3.4 特异性肽段序列提取 |
| 3.5 基于质谱的特异性肽段识别 |
| 3.5.1 谱概率与生成函数计算 |
| 3.5.2 基于谱峰排序和离子类型的谱肽匹配 |
| 3.5.3 基于变异和修饰的谱肽匹配计算 |
| 3.5.4 肽段序列集搜索 |
| 3.6 实验方法 |
| 3.6.1 实验数据 |
| 3.6.2 实验方案 |
| 3.7 实验结果与分析 |
| 3.7.1 重组转录本质量 |
| 3.7.2 质谱在参考库中的识别敏感度 |
| 3.7.3 识别敏感度比较 |
| 3.7.4 蛋白质变体识别 |
| 3.8 本章小结 |
| 第4章 肽段序列构建方法与识别敏感度分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 特异性肽段序列集的重构方法 |
| 4.3 无基因组注释的肽段重构方法 |
| 4.4 基于变异扩展的肽段序列重构方法 |
| 4.5 质谱识别率计算 |
| 4.6 肽段序列比对方法 |
| 4.7 E-value计算 |
| 4.7.1 Bottom-up谱肽匹配的E-value计算 |
| 4.7.2 Top-down谱肽匹配的E-value计算 |
| 4.8 实验方法 |
| 4.8.1 实验数据 |
| 4.8.2 实验方案设计 |
| 4.9 实验结果与分析 |
| 4.9.1 质谱识别敏感度 |
| 4.9.2 质谱交叉识别 |
| 4.9.3 蛋白质变体分类与分析 |
| 4.9.4 氨基酸变异识别 |
| 4.9.5 氨基酸多态性探测能力 |
| 4.9.6 肽段重构方法特点分析 |
| 4.10 本章小结 |
| 第5章 基于质谱数据的选择性剪接事件识别 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 选择性剪接事件 |
| 5.2.1 选择性剪接过程及形式 |
| 5.2.2 选择性剪接事件量化方法 |
| 5.3 剪接肽段序列数据库构建方法 |
| 5.3.1 基于RNA-seq的选择性剪接事件识别 |
| 5.3.2 碱基序列提取 |
| 5.3.3 剪接肽段序列构建方法 |
| 5.4 基于质谱的选择性剪接肽段识别 |
| 5.4.1 Bottom-up质谱 |
| 5.4.2 Bottom-up质谱识别 |
| 5.5 基于图谱计数法的表达率计算 |
| 5.6 实验方法 |
| 5.6.1 实验数据 |
| 5.6.2 实验方案 |
| 5.7 实验结果与分析 |
| 5.7.1 肽段序列集与质谱识别敏感度 |
| 5.7.2 特定肽段识别可靠性 |
| 5.7.3 外显子表达趋势分析 |
| 5.7.4 图谱计数法特点分析 |
| 5.8 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的论文和取得的科研成果 |
| 致谢 |
（4）林木系统发育的计算技术优化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 术语表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景及意义 |
| 1.2 国内外研究现状 |
| 1.2.1 生物信息学研究 |
| 1.2.2 林木物种的系统发育基因组学研究 |
| 1.2.3 生物大数据研究 |
| 1.3 论文主要研究内容 |
| 1.4 论文章节结构安排 |
| 第二章 序列比对算法及其在林木遗传功能特征预测中的应用 |
| 2.1 基因与遗传功能特征的关系 |
| 2.2 基因编码区及RNA位置特征 |
| 2.2.1 CDS基因编码区及其位置特征 |
| 2.2.2 典型的RNA及其位置特征 |
| 2.3 基因序列比对的匹配技术 |
| 2.3.1 点阵法 |
| 2.3.2 Needleman-Wunsch和 Smith-Waterman算法 |
| 2.3.3 FASTA算法 |
| 2.3.4 BLAST算法 |
| 2.4 基于位置的基因序列比对算法LB-BLAST |
| 2.5 实验设计 |
| 2.5.1 柳树模体及其位置特征 |
| 2.5.2 预测实验的设计与实现 |
| 2.6 预测结果与分析 |
| 2.6.1 模体预测结果 |
| 2.6.2 预测算法分析 |
| 2.7 LB-BLAST在林木系统发育学中的应用 |
| 2.8 本章小结 |
| 第三章 基因组同源性作图分析方法及在林木系统发育中的应用 |
| 3.1 基因同源性分析研究背景 |
| 3.1.1 比较基因组学 |
| 3.1.2 同源序列 |
| 3.1.3 共线性的概念及特征 |
| 3.1.4 常用的共线性分析算法及工具 |
| 3.2 基因同源性分析作图方法与实现 |
| 3.2.1 同源性分析的数据准备 |
| 3.2.2 基因同源性作图分析方法 |
| 3.2.3 基因同源性作图分析在线平台 |
| 3.3 基因组系统发育学中的同源性作图在林木和作物中的应用 |
| 3.3.1 面向林木基因家族系统发育学的基因同源性分析 |
| 3.3.2 藜麦基因组共线性分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 面向林木细胞器基因组的系统发育学大数据分析 |
| 4.1 系统发育学研究 |
| 4.1.1 研究背景及意义 |
| 4.1.2 高等植物的细胞器基因组 |
| 4.1.3 常见的系统发育学算法 |
| 4.1.4 常见的系统发育学分析软件 |
| 4.2 常用的生物数据库 |
| 4.2.1 核酸序列数据库 |
| 4.2.2 蛋白质序列数据库 |
| 4.2.3 蛋白质结构数据库 |
| 4.2.4 其他生物分子数据库 |
| 4.3 基于大数据的林木细胞器基因组系统发育学方法研究 |
| 4.3.1 研究背景 |
| 4.3.2 整体架构 |
| 4.3.3 面向植物细胞器基因组的大数据构建 |
| 4.3.4 面向植物色素体基因组的系统发育分析 |
| 4.3.5 面向生物线粒体基因组的系统发育分析 |
| 4.3.6 基于细胞器基因组的数据分析 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 总结和展望 |
| 5.1 全文总结 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读博士期间论文发表情况 |
| 攻读博士期间参与的科研项目 |
（5）植物研究中的模式物种（论文提纲范文）
| 1 模式生物简介 |
| 2 模式植物举例 |
| 2.1 莱茵衣藻 (Chlamydomonas reinhardtii) |
| 2.2 海洋尖尾藻 (Oxyrrhis marina) |
| 2.3 小立碗藓 (Physcomitrella patens) |
| 2.4 江南卷柏 (Selaginella moellendorffii) |
| 2.5 拟南芥 (Arabidopsis thaliana) |
| 2.6 盐芥 (Thellungiella salsuginea) |
| 2.7 水稻 (Oryza sativa) |
| 2.8 玉米 (Zea mays) |
| 2.9 烟草 (Nicotiana tabacum) |
| 2.1 0 大豆 (Glycine max) |
| 2.1 1 蒺藜苜蓿 (Medicago truncatula) |
| 2.1 2 百脉根 (Lotus corniculatus) |
| 2.1 3 异叶水蓑衣 (Hygrophila difformis) |
| 2.1 4 丹参 (Salvia miltiorrhiza) |
| 2.1 5 狗尾草 (Setaria viridis) |
| 3 展望 |
（6）自由运动线虫的4D成像系统的建立及其在神经回路机制研究中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 线虫神经回路的研究 |
| 1.2 本文的研究内容 |
| 2 研究原理和研究方法 |
| 2.1 线虫行为和神经元成像图像处理软件开发平台 |
| 2.2 线虫神经元的激光烧除技术 |
| 2.3 线虫神经元的共聚焦显微成像技术 |
| 2.4 线虫神经元的在体电生理技术 |
| 3 线虫行为自动跟踪及分析系统iBeN的建立与应用 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 系统关键技术 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.4 讨论 |
| 4 自由运动中线虫4D成像系统i CaN的建立与应用 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 系统关键技术 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.4 讨论 |
| 5 线虫中间神经元解码不同强度信号的机制研究 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 实验材料和实验方法 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.4 讨论 |
| 6 线虫进食行为的神经回路机制研究 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 实验材料和实验方法 |
| 6.3 实验结果 |
| 6.4 讨论 |
| 7 总结与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录1 攻读博士学位期间发表的论文及专利目录 |
| 附录2 主要符号和缩略词表 |
（7）栉孔扇贝（Chlamys farreri）高密度图谱构建和基因组框架图绘制（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 0. 引言 |
| 1. 双壳类基因组学研究 |
| 1.1 SNP 标记的高通量开发概述 |
| 1.1.1 高通量 SNP 标记分型技术 |
| 1.1.1.1 降低代表性测序 |
| 1.1.1.2 RAD 测序 |
| 1.1.1.3 改进的 RAD 技术 |
| 1.1.1.4 低覆盖度测序分型 |
| 1.1.2 高通量 SNP 标记分型算法 |
| 1.1.2.1 临界值算法 |
| 1.1.2.2 后验概率算法 |
| 1.1.2.3 最大似然算法 |
| 1.1.2.4 改进的最大似然算法 |
| 1.1.2.5 显性标记分型的阈值法 |
| 1.1.3 高通量 SNP 标记的应用 |
| 1.1.3.1 SNP 应用于遗传图谱构建 |
| 1.1.3.2 SNP 应用于全基因组关联分析 |
| 1.1.3.3 SNP 应用于数量性状定位研究 |
| 1.1.3.4 SNP 应用于群体遗传学与进化研究 |
| 1.2 高精度遗传图谱构建概述 |
| 1.2.1 高精度遗传图谱应用 |
| 1.2.1.1 高精度遗传图提高 QTL 检测功效 |
| 1.2.1.2 高精度遗传图辅助基因组拼接 |
| 1.2.1.3 高精度遗传图进行比较基因组分析 |
| 1.2.2 双壳类遗传图谱构建进展 |
| 1.3 全基因组测序概述 |
| 1.3.1 全基因组从头测序与组装 |
| 1.3.1.1 基因组测序策略 |
| 1.3.1.2 基因组拼接算法 |
| 1.3.1.3 贪婪算法（Greedy algorithm） |
| 1.3.1.4 重叠-排列-生成一致（Overlap/Layout/Consensus）算法 |
| 1.3.1.5 de Bruijn 算法 |
| 1.3.2 基因组组装结果评价 |
| 2. 栉孔扇贝研究现状 |
| 3. 本研究目的和意义 |
| 第二章 栉孔扇贝高通量 SNP 标记开发与基因分型技术建立 |
| 第一节 2b-RAD 应用于栉孔扇贝高通量 SNP 筛查 |
| 0 引言 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料选择 |
| 1.2 基因组 DNA 的提取 |
| 1.3 2b-RAD 应用于栉孔扇贝基因组 SNP 筛查 |
| 1.3.1 II B 型限制性内切酶的选择 |
| 1.3.2 选择性碱基的确定 |
| 1.3.3 Barcode 的设计验证 |
| 2. 结果与讨论 |
| 2.1 II B 型限制性内切酶的选择 |
| 2.2 选择性碱基的确定 |
| 2.3 Barcode 的设计与验证 |
| 第二节 基于 2b-RAD 技术的非模式生物 SNP 分型算法的建立 |
| 0.引言 |
| 1.材料和方法 |
| 1.1 模拟分析 |
| 1.2 实际测序数据进行评价的数据来源 |
| 1.3 RADtyping 分型算法和分型策略 |
| 2. 结果与讨论 |
| 2.1 RADtyping 的分析架构和平台构建 |
| 2.2 模拟数据的 RADtyping 分型评价 |
| 2.3 实际测序数据的 RADtyping 分型评价 |
| 第三章 栉孔扇贝 SNP 遗传连锁图谱的构建 |
| 0. 引言 |
| 第一节 扇贝作图群体构建与 SNP 标记开发 |
| 1. 材料和方法 |
| 1.1 栉孔扇贝参考基因组序列获得 |
| 1.2 作图群体构建 |
| 1.3 作图子代的亲子鉴定 |
| 1.4 2b-RAD 测序文库的构建及测序 |
| 2. 实验结果 |
| 2.1 栉孔扇贝参考基因组序列获得 |
| 2.2 连锁作图的 2b-RAD 测序策略的确定 |
| 3. 讨论 |
| 3.1 双壳贝类参照基因组 |
| 3.2 连锁作图的 2b-RAD 测序方案 |
| 第二节 作图家系 RADtyping 基因分型与遗传图谱构建 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 RADtyping 对测序数据预处理和 SNP 分型 |
| 1.2 Sanger 测序验证分型准确性 |
| 1.3 SNP 遗传连锁图谱的构建 |
| 2. 实验结果 |
| 2.1 栉孔扇贝作图家系的 2b-RAD 测序 |
| 2.2 Sanger 测序验证分型准确性 |
| 2.3 高精度遗传图谱构建 |
| 3. 讨论 |
| 第四章 基于连锁与关联联合分析的重要经济性状的 QTL 定位 |
| 0. 引言 |
| 第一节 基于连锁分析的重要经济性状的 QTL 定位 |
| 1.材料与方法 |
| 2.结果与讨论 |
| 第二节 基于连锁与关联联合分析的经济性状 QTL 定位 |
| 1.材料与方法 |
| 2. 结果与讨论 |
| 第五章 栉孔扇贝全基因组框架图谱的绘制 |
| 0. 引言 |
| 第一节 栉孔扇贝基因组 survey 测序 |
| 1. 材料和方法 |
| 1.1 测序材料的获得 |
| 1.2 DNA 提取 |
| 1.3 180bp 短插入片段文库的构建和测序 |
| 1.4 测序数据的分析处理 |
| 2. 结果与讨论 |
| 第二节 栉孔扇贝基因组框架图构建和基因组特征分析 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 180bp, 300bp,500bp 短插入片段文库的构建和测序 |
| 1.2 2kb, 5kb,10kb,20kb,30kb 长插入片段文库的构建和测序 |
| 1.3 基因组拼接 |
| 1.4 基因组框架图拼接评价 |
| 1.5 重复序列分析 |
| 1.6 基因组初步基因预测 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 测序数据统计 |
| 2.2 组装基因组框架图谱 |
| 2.3 基因组草图覆盖度评价 |
| 2.4 基因组框架图谱重复序列分析 |
| 2.5 基因组框架图谱的初步注释 |
| 3. 讨论 |
| 第三节 遗传图谱、物理图谱和基因组框架图谱整合 |
| 0.引言 |
| 1. 材料和方法 |
| 2. 结果和讨论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 发表的学术论文 |
（8）度夏仿刺参腐皮综合征病原研究及伯麦罗弧菌诱导的SSH文库构建与ESTs分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 仿刺参病害研究 |
| 1.1.1 海参病害研究概述 |
| 1.1.2 度夏仿刺参疾病研究进展 |
| 1.1.3 仿刺参腐皮综合征病原微生物的研究 |
| 1.2 病原微生物的快速诊断技术 |
| 1.2.1 病原微生物经典形态特征及生理生化指标鉴定技术 |
| 1.2.2 病原微生物免疫学快速诊断技术 |
| 1.2.3 病原微生物核酸快速检测技术 |
| 1.2.4 生物质谱在细菌分类鉴定中的应用 |
| 1.3 仿刺参的免疫学研究发展 |
| 1.3.1 棘皮动物的免疫机制 |
| 1.3.2 温度对仿刺参免疫机能的影响 |
| 1.3.3 仿刺参免疫相关基因研究进展 |
| 1.4 抑制性消减杂交在海洋动物免疫相关基因功能研究中的应用 |
| 1.4.1 抑制性消减杂交技术原理及技术流程 |
| 1.4.2 抑制性消减杂交技术的优缺点 |
| 1.4.3 抑制性消减杂交技术在海洋动物免疫相关功能基因研究中的应用 |
| 1.5 表达序列标签研究相关的生物信息学方法 |
| 1.5.1 实验数据的获得与加工 |
| 1.5.2 序列片段的拼接 |
| 1.5.3 基因功能注释(Annotation) |
| 1.6 本研究的技术路线和目的意义 |
| 1.6.1 研究的目的意义 |
| 1.6.2 技术路线 |
| 第二章 南移养殖仿刺参腐皮综合征的病原研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 材料 |
| 2.2.2 方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 症状研究及流行情况概述 |
| 2.3.2 细菌的回接感染结果 |
| 2.3.3 仿刺参注射感染和浸浴感染实验结果比较 |
| 2.3.4 病原菌生理生化指标的测定结果 |
| 2.3.5 病原菌的质谱鉴定 |
| 2.3.6 病原菌基因序列测定及系统发生树的构建 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 病原菌鉴定的方法比较 |
| 2.4.2 伯麦罗弧菌的致病性 |
| 2.4.3 伯麦罗弧菌不同菌株的特征比较 |
| 第三章 仿刺参腐皮综合征病原菌攻毒前后SSH文库的构建 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 材料 |
| 3.2.2 实验方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 仿刺参腐皮综合征病原菌攻毒前后体腔细胞总RNA的提取质量 |
| 3.3.2 抑制性差减文库的构建 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 研究仿刺参免疫相关基因技术的选择 |
| 3.4.2 建库对象的选取和其提取RNA质量的保障 |
| 3.4.3 刺参抑制性消减杂交cDNA文库质量评价 |
| 第四章 病原菌攻毒仿刺参SSH文库的筛选及序列分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 文库重组质粒测序 |
| 4.2.2 文库测定数据生物信息学分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 文库测序结果统计 |
| 4.3.2 文库测定数据的Blast和InterProscan分析结果 |
| 4.3.3 文库测定数据的GO分析统计结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 SSH文库基因的功能注释和分类 |
| 4.4.2 差异表达基因主要类群探讨 |
| 第五章 病原菌攻毒前后仿刺参免疫相关基因差异表达研究 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 材料 |
| 5.2.2 方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 内参基因的选择和免疫相关基因的初步筛选 |
| 5.3.2 胁迫后仿刺参免疫相关基因的时间顺序差异表达 |
| 5.3.3 胁迫后仿刺参免疫相关基因的空间顺序差异表达 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 研究基因差异表达的实验技术选择 |
| 5.4.2 病原菌胁迫下仿刺参体内C型凝集素的差异表达 |
| 5.4.3 病原菌胁迫下仿刺参体内血清淀粉样蛋白A的差异表达 |
| 5.4.4 病原菌胁迫下仿刺参体内含铁蛋白的差异表达 |
| 参考文献 |
| 结论与创新 |
| 参加的科研项目 |
| 博士期间发表的部分论文 |
| 致谢 |
（9）基于模式生物斑马鱼的“藻戟遂芫俱战草”急性毒性相互作用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一章 文献研究 |
| 第一节 模式生物的发展与分类 |
| 参考文献 |
| 第二节 模式生物斑马鱼的兴起与发展 |
| 参考文献 |
| 第二章 “藻戟遂芫俱战草”反药组合样品制备 |
| 1 仪器与材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 第三章 基于斑马鱼的甘遂甘草反药组合急性毒性与相互作用研究 |
| 第一节 甘遂不同提取物对斑马鱼急性毒性的初步观察 |
| 参考文献 |
| 第二节 甘遂-甘草水提单煎混合液急性毒性与相互作用研究 |
| 参考文献 |
| 第三节 甘遂-甘草先醇提后水提合煎液急性毒性及相互作用研究 |
| 参考文献 |
| 第四节 甘遂-甘草反药组合水提合煎液急性毒性与相互作用研究 |
| 参考文献 |
| 第五节 甘遂-甘草相互作用代表性组合对斑马鱼体内组织器官的影响 |
| 第六节 基于UPLC-TOF-MS的甘遂-甘草相互作用代表性组合成分研究 |
| 第四章 基于斑马鱼的海藻-甘草反药组合水提合煎液急性毒性与相互作用研究 |
| 1 材料 |
| 2 方法与结果 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 第五章 基于斑马鱼的大戟-甘草反药组合水提合煎液急性毒性与相互作用研究 |
| 1 材料 |
| 2 方法与结果 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 第六章 基于斑马鱼的芫花-甘草反药组合水体合煎液急性毒性与相互作用研究 |
| 1 材料 |
| 2 方法与结果 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 结语 |
| 攻读硕士学位期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（10）家蚕精巢蛋白表达谱分析及精子形成的相关研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1. 研究的目的和意义 |
| 2. 主要研究内容和技术路线 |
| 2.1 主要研究内容 |
| 2.2 实验研究技术路线 |
| 第二章 文献综述 |
| 1. 家蚕是重要的模式生物 |
| 1.1 家蚕是人类对动物驯化养殖的一个成功典范 |
| 1.2 家蚕是遗传学研究的重要模式生物 |
| 1.3 家蚕是内分泌与发育生物学研究的模式 |
| 1.4 家蚕是现代生物技术不可或缺的工具 |
| 1.5 家蚕是鳞翅目害虫研究的首选典型模式 |
| 1.6 家蚕可开发为人类疾病的研究模型 |
| 1.7 开发家蚕作为医药、毒理学简易实验动物模型 |
| 1.8 推进家蚕模式化研究意义重大 |
| 2. 家蚕蛋白组学研究进展 |
| 2.1 蛋白质与蛋白质组学 |
| 2.2 家蚕蛋白质组研究进展 |
| 3. 家蚕精子形成与调控的研究进展 |
| 3.1 家蚕的精巢与精子形成 |
| 3.2 精子形成调控 |
| 3.3 家蚕精巢mRNA、蛋白组表达谱研究 |
| 3.4 生精囊体外培养系 |
| 3.5 讨论 |
| 第三章 一般材料及方法 |
| 1. 材料和试剂 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 实验试剂 |
| 1.3 实验仪器 |
| 1.4 主要试剂的配制 |
| 2. 方法 |
| 2.1 家蚕精巢解剖 |
| 2.2 总蛋白的提取及浓度测定 |
| 2.3 Bradford 法蛋白质定量 |
| 2.4 蛋白质纯化处理 |
| 2.5 总蛋白双向电泳分离 |
| 2.6 凝胶扫描及分析 |
| 2.7 蛋白点酶解 |
| 2.8 家蚕蛋白数据库与质谱分析 |
| 2.9 Shotgun LC MS/MS 法蛋白组鉴定的一般流程 |
| 第四章 家蚕精巢蛋白组表达谱shotgun 法鉴定 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 精巢总蛋白SDS 电泳图谱 |
| 2.2 精巢蛋白组鉴定 |
| 2.3 V4 和P4 精巢蛋白的差异表达 |
| 2.4 鉴定蛋白的理论等电点和分子量分布 |
| 2.5 蛋白功能注释 |
| 2.6 V4 和P4 特异表达蛋白GO 分析 |
| 3. 讨论 |
| 第五章 家蚕精巢蛋白组双向电泳分析 |
| 1 材料和方法 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 家蚕5 龄不同阶段精巢总蛋白表达谱 |
| 2.2 家蚕5 龄起蚕（V0）和化蛾前（P8）精巢总蛋白的差异电泳分析 |
| 2.3 双向电泳图谱的mageMaster 2D Platinum 软件分析 |
| 2.4 不同时期精巢蛋白的等点点和分子量分布 |
| 2.5 电泳蛋白点的MALDI-TOF/TOF 质谱分析 |
| 3. 讨论 |
| 第六章 家蚕精巢中热激蛋白、细胞周期蛋白家族基因转录水平分析 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 试剂 |
| 1.3 方法 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 家蚕饲养 |
| 2.2 荧光实时定量PCR 反应的标准曲线 |
| 2.3 Hsps 家族基因的的转录表达水平 |
| 3. 讨论 |
| 第七章 双酚A（BPA）对体外培养家蚕生精囊形成精子的影响 |
| 1. 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 主要试剂及培养液配制 |
| 1.3 家蚕血清（BH, Bombyx hemolymph）制备 |
| 1.4 生精囊的体外培养 |
| 1.5 培养液中BPA 的添加方法 |
| 1.6 精子束的观察和调查法 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 家蚕的精子形成过程 |
| 2.2 家蚕生精囊体外培养系中的精子形成 |
| 2.3 BPA 对生精囊体外培养系中精子精子形成的影响 |
| 3. 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间公开发表的论文、论着 |
| 致谢 |
四、几种模式生物的后基因组研究进展（论文参考文献）
- [1]地衣芽孢杆菌及黄芪提取物对InR[E19]/TM2果蝇的影响及机理研究[D]. 徐美玲. 东北师范大学, 2021(12)
- [2]环境激素壬基酚对秀丽隐杆线虫的多毒性效应及组学机制研究[D]. 曹雪. 华东理工大学, 2020(01)
- [3]蛋白基因组学中质谱分析方法研究[D]. 李紫薇. 哈尔滨工程大学, 2020(04)
- [4]林木系统发育的计算技术优化研究[D]. 徐逸卿. 东南大学, 2018(01)
- [5]植物研究中的模式物种[J]. 邱霞. 生物学教学, 2018(03)
- [6]自由运动线虫的4D成像系统的建立及其在神经回路机制研究中的应用[D]. 张海宁. 华中科技大学, 2015(01)
- [7]栉孔扇贝（Chlamys farreri）高密度图谱构建和基因组框架图绘制[D]. 付晓腾. 中国海洋大学, 2014(01)
- [8]度夏仿刺参腐皮综合征病原研究及伯麦罗弧菌诱导的SSH文库构建与ESTs分析[D]. 方旅平. 厦门大学, 2017(01)
- [9]基于模式生物斑马鱼的“藻戟遂芫俱战草”急性毒性相互作用研究[D]. 姜玮. 南京中医药大学, 2012(04)
- [10]家蚕精巢蛋白表达谱分析及精子形成的相关研究[D]. 陈玉华. 苏州大学, 2011(06)